2023年10月 – 至今中國科學院廣州生物醫(yī)藥與健康研究院 研究員
2017年02月 – 2023年10月美國國立衛(wèi)生研究院(NIH) / 博士后(Postdoctoral Fellow)、專職研究員(Research Fellow)
2014年10月 – 2017年02月梅奧醫(yī)學中心(Mayo Clinic)/ 專職研究員(Research Fellow)
2009年08月 – 2014年07月中國科學院北京基因組研究所/博士
2005年09月 – 2009年06月華中科技大學/學士
課題組主要研究數(shù)字細胞大模型，以及細胞命運決定的轉錄調控機制。具體研究內容包括：
1)???? 構建和應用深度學習模型、開發(fā)組學數(shù)據(jù)分析方法；
2)???? 研究基因組調控區(qū)域的序列特征、啟動子與增強子間的相互作用規(guī)則、轉錄因子間合作規(guī)則，及它們對基因轉錄的影響；
3)???? 探索細胞特異性調控網(wǎng)絡及其在細胞發(fā)育、分化和疾病發(fā)生中的分子機制。
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為實現(xiàn)這些研究內容，課題組將采用多學科的方法和技術，包括深度學習、生物信息學、基因組學、CRISPR基因編輯、高通量篩選、以及各種測序技術(如STARR-Seq、Hi-C、ATAC-Seq、ChIP-Seq、RNA-Seq等)。
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說明： #為共同第一作者，*為通訊作者
1.???? Yongbing Zhao#*. TFSyntax: a database of transcription factors binding syntax in mammalian genomes. Nucleic Acids Research, 2023?
2.???? Yongbing Zhao#*, Supriya V. Vartak#, Andrea Conte#, Xiang Wang#, David A. Garcia#, Evan Stevens, Seol Kyoung Jung, Kyong-Rim Kieffer-Kwon, Laura Vian, Timothy Stodola, Francisco Moris, Laura Chopp, Silvia Preite, Pamela L. Schwartzberg, Joseph M. Kulinski, Ana Olivera, Christelle Harly, Avinash Bhandoola, Elisabeth F. Heuston, David M. Bodine, Raul Urrutia, Arpita Upadhyaya, Matthew T. Weirauch, Gordon Hager and Rafael Casellas*. "Stripe" transcription factors provide accessibility to co-binding partners in mammalian genomes. Molecular Cell, 2022?
3.???? Yongbing Zhao*, Jinfeng Shao, Yan W Asmann*. Assessment and Optimization of the Interpretability of Machine Learning Models Applied to Transcriptomic Data. Genomics, Proteomics and Bioinformatics, 2022
4.???? Yongbing Zhao#, Jinyue Wang#, Fang Liang, Yanxia Liu, Qi Wang, Hao Zhang, Meiye Jiang, Zhewen Zhang, Wenming Zhao, Yiming Bao, Zhang Zhang, Jiayan Wu, Yan W Asmann, Rujiao Li, Jingfa Xiao. NucMap: a database of genome-wide nucleosome positioning map across species. Nucleic Acids Research, 2019?
5.???? Gaihua Zhang#, Yongbing Zhao#, Yi Liu#, Lipin Kao, Xiao Wang, Benjamin Skerry, and Zhaoyu Li. FOXA1 Defines Cancer Cell Specificity. Science Advances, 2016
